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不同藻類適應環境的能力不同，且對於水環境非常敏感，因此最適宜用來評估河川的水質標準。一般來說，在無污染的水體中，藻類歧異度非常高，但每種藻數量不多。反之，在污染的水體中，藻類歧異度低，但每種藻數量龐大。
利用藻類做為水質指標有多種分析方式，如選擇特定藻類指標，除可顯示採樣當時水域的水質狀況外，也能看出潛在的所有影響因子的變動性。目前最常用作水質指標的是矽藻，因為矽藻較易鑑定，且對水中的污染異常敏感，除可用來探測各種農藥肥料的施用程度外，更可由污染程度不同所造成的種類及相對豐富度，來建立水質分析標準。此外，有些藻種的出現頻度，與氨氮、生化溶氧量、總磷量、溶氧量、酸鹼度等有密切相關性，因此可利用矽藻配合理化因子深入探討水質的改變。
<引用與參考資料來源>
環保署淡水生物多樣性調查方法評估 http://niea.gov.tw/analysis/publish/month/50/50th3-2.htm
科學發展2007 http://www.nsc.gov.tw/_NewFiles/popular_science.asp?add_year=2007&popsc_aid=118
科學月刊1988 http://203.68.20.65/science/content/1988/00120228/0012.htm
利用藻類做為水質指標有多種分析方式，如選擇特定藻類指標，除可顯示採樣當時水域的水質狀況外，也能看出潛在的所有影響因子的變動性。目前最常用作水質指標的是矽藻，因為矽藻較易鑑定，且對水中的污染異常敏感，除可用來探測各種農藥肥料的施用程度外，更可由污染程度不同所造成的種類及相對豐富度，來建立水質分析標準。此外，有些藻種的出現頻度，與氨氮、生化溶氧量、總磷量、溶氧量、酸鹼度等有密切相關性，因此可利用矽藻配合理化因子深入探討水質的改變。
<引用與參考資料來源>
環保署淡水生物多樣性調查方法評估 http://niea.gov.tw/analysis/publish/month/50/50th3-2.htm
科學發展2007 http://www.nsc.gov.tw/_NewFiles/popular_science.asp?add_year=2007&popsc_aid=118
科學月刊1988 http://203.68.20.65/science/content/1988/00120228/0012.htm
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